Organy w sanktuarium Matki Bożej Trybunalskiej zostały zainstalowane w 1949 roku. Pochodzą one z terenów byłej III Rzeszy (Dolny Śląsk). Zgodę na zakup i transport instrumentu do Piotrkowa wydał na prośbę O. Superiora Wacława Sęka SJ, ówczesny minister Obrony Narodowej gen. Piotr Jaroszewicz. Poświęcenia organów dokonał bp. Michał Klepacz w dniu 22 maja 1949 roku, a koncert inauguracyjny prowadził organista, prof. Jan Kucharski z Łodzi. Pierwszym utworem zagranym podczas

Instrument zbudowany został w firmie Schlag & Söhne (opus 946). Posiada ok. 1700 piszczałek. Pierwotnie prospekt organowy był skromny - widocznych było tylko kilkanaście niewielkich piszczałek. Obecny kształt prospektu pochodzi z lat siedemdziesiątych XX wieku.

W roku 2010 staraniem ówczesnego superiora, o. Zdzisława Jaśko, organy przeszły remont generalny. Obecnie są organizowane w sanktuarium koncerty organowe w ramach Piotrkowskiej Jesieni Organowej.